菏澤高新區把培植醫藥產業作為壯大經濟實力、提升產業水平的重中之重，著力打造全省知名的醫藥產業基地。截止目前，醫藥加工及關聯企業82個，擁有市級以上高新技術醫藥企業11家，其中省級7家，產品涵蓋中藥、西藥、制藥設備等十大門類、千余品種，形成了研發、生產、銷售、物流等完整的產業鏈條。2010年實現銷售收入90億元，利稅23億元，上繳稅金突破7億元。2009年，被省發改委批準為第一批省級生物高技術產業基地。2010年被山東省中小企業辦公室認定為省級產業集群。

以步長制藥、健民制藥、華信制藥、譽衡藥業、海王藥業等企業為龍頭，形成了從中藥材種植、飲片加工、制劑生產到市場物流的現代中藥生產基地，步長制藥的穩心顆粒被列入國家火炬計劃，丹紅注射液是全國單品種銷量最大中藥制劑，相繼獲2010年度山東省科技進步一等獎、中國第十二屆專利金獎;“丹紅注射液近紅外在線自動質量控制”項目被列入國家 “十一五”重大專項山東創新藥物孵化基地項目子課題、國家發改委現代中藥高技術產業發展專項、2010年山東省自主創新成果轉化重大專項和山東省重大藥物產值利稅雙倍增科技示范工程;“穩心顆粒技術改造研究”、“丹紅注射液譜-效及安全性相關評價系統的建立”均被列入國家“十二五”重大新藥創制”科技重大專項，得力生注射液是目前國內唯一批準的二類抗癌植物類新藥，屬世界首創;譽衡藥業的銀杏內脂B注射液、艽龍苦素注射液均被批準為國家一類新藥。

以睿鷹先鋒制藥、潤澤制藥、立海潤制藥、方明制藥等企業為依托，形成了國內規模較大、技術先進、產品純度高、產業鏈條長的頭孢類、大環內酯類醫藥中間體、原料藥生產基地，睿鷹先鋒制藥的30項科研成果通過省級鑒定，8項為國內獨創，其中酰基化試劑T-1216被列入國家火炬計劃。以華普醫療科技、鑫鼎設備制造等企業為骨干，大力發展醫療器械產業，新引進了志宇醫療器械、默瑞克醫療設備、華普留置針、利華得醫療器械等一批極具發展潛力的項目，產業規模繼續膨脹。