中國醫藥電子商務與其他行業電子商務的蓬勃發展相比，因交易物品的特殊性，其發展顯得更為艱難。主要表現在：總體上電子商務應用分散，發展水平不高，從業公司規模偏小；從應用深度上，主要還是停留在信息服務層面，少有完整的電子商務服務；從商業模式上，網上藥店發展受限制，以網上批發業務為主的B2B模式成為醫藥行業電子商務應用的主流。醫藥行業的相關政策法規已經相當完善，但醫藥行業開展電子商務的相關政策比較欠缺，僅有《互聯網藥品交易服務審批暫行條例》對其開展電子商務進行相關規定。

2011年，中國電子商務市場交易規模達到6.0萬億元，而醫藥電子商務市場規模僅為4億元，有5-6家銷售接近5000萬元的網上藥店。2012年，中國電子商務市場交易規模為8.01萬億元，國內藥品零售市場銷售總額達2225億元，同比增長16%，其中網絡銷售約16.65億元，占比0.075%。

前瞻產業研究院《2015-2020年中國醫藥行業電子商務市場競爭與投資預測分析報告》統計數據顯示，2014年中國十大自建電子商務網站醫藥企業排行榜如下：