(1)海水淡化產業存在一定的市場風險

據前瞻產業研究院分析，在中國，海水淡化產業還沒有形成一定的規模，就拿沿海城市上海來說，它的環保產業已經很先進，但是在海水淡化領域還幾乎空白，雖然近些年海水淡化也進入了上海市政府的視線，但是實施還需要一個漫長的過程。一般建成一個中型的海水淡化廠最少需耗時兩年。中國的海水淡化產業想要形成氣候，短期內是無法實現的。

(2)海水淡化產業技術風險依然較大

中國雖然在40年的努力中，有了很多先進的海水淡化技術，但是，目前國內使用的技術大多還依賴進口，多少會制約國內該產業的發展。例如對于海水淡化之后的“廢”水利用，在技術上，中國和發達國家相比還存在一定差距。如果不能有效利用這些“廢”水，就失去了產業鏈里的重要一環，要是再將“廢”水不經處理直接排入海洋的話，將會破壞海洋的生物環境，那么，產業就無法繼續發展下去。因此，技術難關仍然存在。