作者|王聰 來源|生物世界(ID：ibioworld)

新冠病毒Omicron突變株于2021年11月在非洲的博茨瓦納和南非首次被發現，之后迅速傳播到世界各地，自那時以來，Omicron很快成為新冠主要流行株并持續至今。但它的確切起源一直是個謎，部分原因是Omicron與之前流行的突變株如此不同。

2022年12月1日，Science 期刊發表了一篇題為：Gradual emergence followed by exponential spread of the SARS-CoV-2 Omicron variant in Africa 的研究論文。該研究稱，在新冠病毒Omicron突變株首次被發現（2021年11月）之前，它的祖先就已經在非洲廣大地區逐漸出現和進化。

然而，2022年12月20日，該論文上線不足一個月就被撤稿，在撤稿通知中，參與該論文的87位研究人員承認，該研究的關鍵基因組序列被污染，因此導致了錯誤結論。

這篇論文幾乎從發表的那一刻起就受到了批評，一些研究人員認為，如果這項研究先以預印本形式發布，讓獨立科學家發表評論，這個問題本可以避免。牛津大學進化病毒學家Aris Katzourakis 表示，如果這篇文章在預印本上線，在幾天內就會在Twitter上被“噴死”。

關于Omicron的起源，科學家們提出了三種觀點，第一種是病毒在動物宿主上經歷了長時間進化，然后“跳躍”到了人類身上；第二種是病毒在患有慢性感染的病人身上經歷了長時間進化；第三種是該病毒一直在某個地區悄然傳播和進化。

這篇Science 論文似乎證實第三種觀點。研究團隊通過使用Omicron特異性檢測方法篩選來自非洲各地的新冠患者的數千個舊樣本，研究人員早在2021年8月和9月就在東非和西非的25個患者樣本中發現了Omicron的證據，幾個月后這種突變株在南部非洲爆發。研究人員對來自貝寧的5個樣本的基因組進行了測序，發現它們具有Delta的一些特征和Omicron的一些特征，說明它們是從Delta向Omicron進化的中間階段。

但在這篇Science 論文發表之前，科學界已經不再認可上述第三種觀點，因為如果Omicron真的是隨著在人群中傳播而逐漸進化，那么它們應該有更多的同義突變（這種突變的基因序列改變，但不會導致蛋白質序列變化）。

斯克里普斯研究所病原體進化專家Kristian Andersen 在深入研究這篇論文后發現，

這篇論文上線后，一些科學家很快發現了問題，例如，論文中的Omicron早期祖先的基因組序列竟然有一些后來才出現的Omicron亞型的典型突變，這說明樣本被污染了。

論文作者承認了一些樣品存在污染問題，此外，他們從殘留樣本中再次進行測序，并沒有能重復出論文中的結果。

論文的批評者指出，這些問題本應在論文發表前的同行評議中被發現。一位匿名科學家表示，自己被Science 邀請審稿時指出了這篇論文存在的缺陷。

Science 期刊主編 Holden Thorp 表示，審稿人對這篇論文的發表給予了足夠多的支持，但他沒有詳細說明。他還表示，在審稿過程中沒有發現這些錯誤，Science 對此承擔責任。

這篇 Science 論文的通訊作者、柏林夏里特醫學院的 Jan Felix Drexler 表示，如果當初先在預印本發布，就可以避免這篇論文的發表和撤稿。似乎沒有必要急于公布論文中的這些信息，因為這些發現并沒有回答緊急公共衛生問題。現在回想起來，確實很后悔。

參考鏈接：

https://www.science.org/doi/10.1126/science.add8737

https://www.science.org/content/article/we-made-mistake-omicron-origin-study-retracted-after-widespread-criticism

編者按：本文轉載自微信公眾號：生物世界(ID：ibioworld)，作者：王聰